По договору транспортного экспедирования одна сторона (экспедитор) обязуется за плату и за счет второй стороны (клиента) выполнить или организовать выполнение определенных договором услуг, связанных с перевозкой груза, а экспедиторы для выполнения поручений клиентов могут заключать договоры с перевозчиками, портами, авиапредприятием, судоходными компаниями и т. п.
Базой обложения НДС у экспедитора является стоимость оказанных транспортно-экспедиторских услуг (вознаграждение экспедитора) и стоимость услуг по перевозке.
Платой (вознаграждением) экспедитору считаются денежные средства, уплаченные клиентом экспедитору за надлежащее выполнение договора транспортного экспедирования.
То есть базой налогообложения для транспортно-экспедиторских услуг является вознаграждение экспедитора, ставка налога составляет 20 %.
На такую сумму и на дату возникновения налоговых обязательств экспедитор выписывает налоговую накладную заказчику перевозки.
При определении таможенной стоимости товаров к цене, которая была фактически уплачена или подлежит уплате за оцениваемые товары, прибавляются расходы, если они не включались в цену, в частности, расходы на транспортировку оцениваемых товаров до аэропорта, порта или другого места ввоза на таможенную территорию Украины и затраты на погрузку, выгрузку и обработку товаров,связанные с их транспортировкой до аэропорта, порта или другого места ввоза на таможенную территорию Украины.
Затраты на транспортировку товара после ввоза не включаются в таможенную стоимость товаров при условии выделения их из цены,которая была фактически уплачена за оцениваемые товары, которые документально подтверждены и которые поддаются исчислению.
При определении таких затрат ГФС рекомендует руководствоваться Методическими рекомендациями по формированию себестоимости перевозок (работ, услуг) на транспорте, утвержденными приказом Минтранса от 05.02.01 г. № 65.

Письмо ГУ ГФС в г. Киеве от 11.10.17 г. № 2199/ІПК/26-15-12-01-18.