В случае, если заказчик перевозки грузов по территории Украины является нерезидентом Украины (не имеет постоянного представительства на таможенной территории Украины), то транспортно-экспедиторские услуги, предоставляемые экспедитором (независимо от того, резидентом или нерезидентом), не являются объектом обложения налогом на добавленную стоимость, поскольку местом оказания транспортно-экспедиторских услуг нерезиденту является место их предоставления за пределами таможенной территории Украины в соответствии с пп. ж) п. 186.3 ст.186 НКУ.

Согласно раздела III Порядка заполнения и представления налоговой отчетности по налогу на добавленную стоимость, утвержденного приказом Министерства финансов Украины от 28.01.2016 № 21, в декларацию вносятся данные налогового учета плательщика отдельно за каждый отчетный (налоговый) период без нарастающего итога. Итак транспортно-экспедиторские услуги, предоставляемые экспедитором - плательщиком НДС нерезиденту отражаются в строке 5 раздела I «Налоговые обязательства» налоговой декларации по НДС с отметкой «0110» (в которой отражаются расчеты с бюджетом).

Также экспедитором в налоговой отчетности по НДС отражаются объемы приобретения товаров / услуг, полученные от контрагентов, привлеченных к выполнению транспортно-экспедиторских услуг, как с налогом на добавленную стоимость, так и без налога.

При этом, в случае если во время такого приобретения или изготовления суммы налога были включены в состав налогового кредита и начинают использоваться в операциях, место поставки которых находится за пределами таможенной территории Украины, экспедитор обязан начислить налоговые обязательства исходя из базы налогообложения, определенной в соответствии с пунктом 189.1 статьи 189 настоящего Кодекса, и составить не позднее последнего дня отчетного (налогового) периода и зарегистрировать сводную налоговую накладную в Едином реестре налоговых накладных в сроки, установленные настоящим Кодексом.

Таким образом, экспедитор должен данные налогового учета отражать в налоговой отчетности по НДС и в случае включения сумм НДС по приобретению в состав налогового кредита по товарам / услугам, которые были использованы в операциях по оказанию транспортно-экспедиторских услуг нерезиденту, которые не рассматриваются как объект налогообложения НДС, обязан начислить налоговые обязательства в соответствии с п.198.5 ст.198 Кодекса, ответственность за несоблюдение которого влечет за собой применение штрафных санкций в соответствии с п.123.1 ст.123 Кодекса.