Вопрос контроля правильности исчисления декларантом таможенной стоимости, как и определение метода ее исчисления в случае возникновения обоснованного сомнения, относятся к исключительной компетенции таможенных органов.
Суды часто принимают неправомерные решения о взыскании из бюджета разницы между налогами, начисленными на таможенную стоимость товара, заявленную декларантом, и налогами, начисленными на такую ​​стоимость, определенную таможней, в пользу налогоплательщиков, определяя таможенную стоимость товара по первому методу (на этом, как правило, настаивает декларант), чем фактически берут на себя полномочия таможенных органов. Такие решения отменяются Верховным Судом, а дела направляются на новое рассмотрение. Так, в постановлении ВСУ от 17.12.13 г. по делу № 21-439а13 указано, что таможня необоснованно применила шестой (резервный) метод определения таможенной стоимости товара без последовательного применения предыдущих пяти методов, как это предусмотрено ст. 265 ТК, и не обосновала невозможность их применения. Тем не менее суды первой и апелляционной инстанций, установив противоправность решений таможенных органов, не имеют права взыскивать из бюджета излишне уплаченную сумму НДС, фактически используя при этом другой метод определения таможенной стоимости.
Письмо Миндоходов от 28.02.14 г. № 5087/7/99-99-10-03-01-17 (подробный комментарий  см. в «БАЛАНС» № 21-22 от 17.03.14 г.).

Какие же выводы можно сделать из Письма № 5087 и анализа приведенных в нем постановлений ВСУ? Прежде всего импортеру необходимо заранее подготовить документы, подтверждающие заявленную им таможенную стоимость, чтобы оформить товар по первому методу. Кроме того, надо быть готовым представить дополнительные документы по запросу таможни, пройти процедуру консультаций. Подробнее о перечне подтверждающих документов мы писали в «БАЛАНСЕ», 2013, № 71, с. 22. Требования к содержанию некоторых документов, в частности прайс-листов, инвойсов, приведены в ОИР (категории 202.02, 202.07). Так, в инвойсах можно указать условия поставки, условия оплаты, место загрузки, размер и основания предоставления скидок.
Согласование таможенной стоимости таким способом все же лучше, чем длительное и не всегда перспективное оспаривание решения таможенного органа в суде.

Новости по теме:
Таможня меняет метод определения таможенной стоимости - а где обоснование?