Миндоходов отметило, что операции по поставке услуг, предоставляемых иностранным и отечественным судам (в том числе судам, следующим в морской порт или из морского порта балластом (без груза) для осуществления погрузки/разгрузки в рамках международных перевозок), которые осуществляют международные перевозки пассажиров, их багажа и грузов и оплачиваются украинскими портовыми сборами, освобождаются от обложения НДС. При этом основным условием применения портом такой льготы является наличие документов, подтверждающих осуществление судном международных перевозок.
В случае осуществления внутренних перевозок пассажиров, их багажа и грузов, освобождение от уплаты НДС на операции по предоставлению услуг, оплачиваемых портовыми сборами, не распространяется, и такие операции подлежат обложению НДС в общем порядке по основной ставке.
На операции по поставке услуг, которые предоставляются судам, следующим в морской порт или из морского порта балластом (без груза) для осуществления погрузки/разгрузки в рамках внутренних перевозок, упомянутая льгота также не распространяется, и такие операции подлежат обложению НДС в общем порядке по основной ставке.

Письмо Миндоходов от 19.12.13 г. № 17866/6/99-99-19-04-02-15.