В письме ГФС от 09.03.16 г. № 5050/6/99-99-19-03-02-15 рассмотрен вопрос о начислении налоговых обязательств по НДС при осуществлении плательщиком НДС отпуска товара со склада, находящегося у него на хранении. Письмо дополняет письма ГФС от 22.12.15 г. № 27405/6/99-99-19-03-02-15 и от 24.09.15 г. № 20288/6/99-99-19-03-02-15.

Ситуация. ООО «Б» в соответствии с заключенным договором хранения и транспортировки товара, принимает товар на хранение от владельцев таких товаров (поклажедателей). Право собственности или распоряжения товаром от поклажедателей к ООО «Б» (хранителю) не передается. Владелец товара (поклажедатель) самостоятельно заключает договор продажи товара (находящегося на хранении в ООО «Б» с покупателем, в котором определяет количество и цену товара. ООО "Б" (хранитель) на основании отдельного договора хранения и транспортировки предоставляет только платные услуги по хранению таких товаров и их последующей транспортировки получателям (покупателям). Каких-либо других договоров ООО «Б» (хранитель) с поклажедателями не заключает.
Согласно п. 185.1 НК объектом налогообложения НДС являются операции налогоплательщиков по поставке товаров/услуг, место поставки которых находится на таможенной территории Украины, согласно ст. 186 НК.
Под поставкой товаров понимается любая передача права на распоряжение товарами как собственника, в т. ч. продажа, обмен или дарение такого товара, а также поставка товаров по решению суда (пп. 14.1.191 НК). 
Итак, владелец товара (поклажедатель) при реализации товара (переданного хранителю на хранение) покупателю на дату, определенную в соответствии с п. 187.1 НК, определяет налоговые обязательства по НДС исходя из стоимости реализованного товара.
При передаче собственником (поклажедателем) товара на хранение право на распоряжение товарами как собственника к хранителю не передается, поэтому при передаче товара на хранение у владельца товара (поклажедателя) отсутствует объект обложения НДС и налоговые обязательства по НДС со стоимости переданного товара на хранение не начисляются.
У хранителя, соответственно, операции по приему на хранение товара и возврату с хранения товара не вызывают налоговых последствий по НДС.
Операция по хранению и последующей транспортировке получателям для хранителя - плательщика НДС является объектом налогообложения НДС и облагаются налогом в общеустановленном порядке по ставке 20 %.

Источник: http://uteka.ua/publication/Otpusk-tovara-na-xranenii-so-sklada-chto-s-NDS.