ГФС в письме от 25.10.2016 г. № 22881/10/26-15-12-02-14 рассмотрела вопрос о зачислении суммы отрицательного значения в счет уплаты денежных обязательств или погашения налогового долга с других платежей, уплачиваемых в государственного бюджета.
Контролирующий орган обязан в течение 5 рабочих дней после окончания проверки:
- или подать органу, осуществляющему казначейское обслуживание бюджетных средств, заключение с указанием суммы, подлежащей возмещению из бюджета;
- или по заявлению плательщика в соответствующий орган отнести такую ​​сумму в счет уплаты денежных обязательств или погашения налогового долга такого налогоплательщика из других платежей, уплачиваемых в госбюджет.
В случае наличия у плательщика налогового долга бюджетному возмещению подлежит заявленная сумма НДС, уменьшенная на сумму такого налогового долга.
Таким образом, плательщик вправе зачесть сумму отрицательного значения, которое не превышает сумму, исчисленную на момент подачи декларации, в счет уплаты денежных обязательств по другим платежам, уплачиваемым в госбюджет, и такое бюджетное возмещение сумм НДС осуществляется после согласования контролирующим органом заявленной суммы бюджетного возмещения по результатам проверки.
Зачисление средств в системе электронного администрирования осуществляется с учетом показателей формулы. Показатели формулы вычисляются автоматически и централизованно на уровне ГФС.

Источник: https://uteka.ua/publication/Nyuasy-zachisleniya-summy-otricatelnogo-znacheniya-v-schet-uplaty-denezhnyx-obyazatelstv