ДФС у листі від 25.10.2016 р. № 22881/10/26-15-12-02-14 розглянула питання щодо зарахування суми від’ємного значення у рахунок сплати грошових зобов'язань або погашення податкового боргу з інших платежів, що сплачуються до державного бюджету.
Контролюючий орган зобов'язаний протягом 5 робочих днів після закінчення перевірки:
- або подати органу, що здійснює казначейське обслуговування бюджетних коштів, висновок із зазначенням суми, що підлягає відшкодуванню з бюджету;
- або за заявою платника до відповідного контролюючого органу зарахувати таку суму в рахунок сплати грошових зобов'язань або погашення податкового боргу такого платника податку з інших платежів, що сплачуються до держбюджету.
У разі наявності у платника податкового боргу бюджетному відшкодуванню підлягає заявлена сума ПДВ, зменшена на суму такого податкового боргу.
Таким чином, платник має право зарахувати суму від'ємного значення, що не перевищує суму, обчислену на момент подання декларації, в рахунок сплати грошових зобов'язань з інших платежів, що сплачуються до держбюджету, і таке бюджетне відшкодування сум ПДВ здійснюється після узгодження контролюючим органом заявленої суми бюджетного відшкодування за результатами перевірки.
Зарахування коштів у системі електронного адміністрування здійснюється з урахуванням показників формули. Показники формули обчислюються автоматично та централізовано на рівні ДФС.

Джерело: https://uteka.ua/ua/publication/Nyuasy-zachisleniya-summy-otricatelnogo-znacheniya-v-schet-uplaty-denezhnyx-obyazatelstv