До утверждения отдельной формы уточняющего расчета плательщикам НДС, которые желают воспользоваться налоговым компромиссом, следует использовать форму уточняющего расчета налоговых обязательств по НДС в связи с исправлением самостоятельно выявленных ошибок. Уточняющий расчет подается вместе с Заявлением о компромиссе и Перечнем (описанием) уточнения показателей налоговой декларации временно на бумажном носителе.
В целях применения налогового компромисса плательщик подает отдельный уточняющий расчет по НДС вместе с Заявлением о компромиссе и Перечнем (описанием) операций за каждый отдельный отчетный период.
Поскольку процедура налогового компромисса применяется за любые налоговые периоды до 1 апреля 2014 года с учетом cроков давности, представление уточняющих расчетов по НДС ограничивается отчетными периодами (месяц, квартал), которые приходятся на период с апреля 2011 года по март 2014 года  включительно.
В случае уточнения показателей декларации, которые требуют представления отдельных приложений к декларации, уточняющий расчет по НДС подается плательщиками налога вместе с такими приложениями.
Поскольку уточнение налогоплательщиком налоговых обязательств не влияет на размер налоговых обязательств его контрагентов, то такая отчетность не принимает участие в расчетах системы сопоставления налоговых обязательств и налогового кредита контрагентов. Показатели уточняющих расчетов по НДС с целью применения налогового компромисса не переносятся в налоговую отчетность по НДС за отчетный период, в котором такие расчеты представлены, а отображаются в лицевых счетах налогоплательщика.

Письмо ГФС от 02.02.15 г. № 3217-7-99-99-15-01-04.

Новости по теме:
Особенности уточнения налоговых обязательств по НДС при применении процедуры налогового компромисса