Согласно п. 113.1 НК суммы штрафных (финансовых) санкций (штрафов) зачисляются в бюджеты, в которые согласно закону зачисляются соответствующие налоги и сборы.
Согласно п. 131.3 НК суммы пени зачисляются в бюджеты или государственные целевые фонды, в которые согласно закону зачисляются соответствующие налоги.
То есть суммы штрафных (финансовых) санкций и пени уплачиваются по кодам бюджетной классификации, по которым осуществляется зачисление соответствующих налогов и сборов.
Относительно уплаты штрафных (финансовых) санкций и пени за нарушения в сфере ВЭД, примененных контролирующим органом, следует отметить следующее.
Форма и Порядок отправки налогового уведомления-решения и расчета денежного обязательства, утвержденные приказом Минфина от 28.12.15 г. № 1204 (далее – Порядок № 1204), определяются центральным органом исполнительной власти, обеспечивающим формирование и реализующим государственную финансовую политику (абзац седьмой п. 58.1 НК).
Абзацем первым п. 3 разд. ІІ Порядка № 1204 определено, что налоговое уведомление-решение составляется по каждому отдельному налогу, сбору вместе со штрафными (финансовыми) санкциями (штрафами) или штрафными (финансовыми) санкциями (штрафами), предусмотренными НК, а также по каждой штрафной (финансовой) санкции (штрафу) и пене за нарушения норм другого законодательства, контроль за соблюдением которого возложен на контролирующие органы, в том числе за нарушение сроков расчетов в сфере ВЭД.
Установленные формы налоговых уведомлений-решений содержат информацию относительно реквизитов бюджетных счетов, на которые налогоплательщик осуществляет уплату сумм штрафных (финансовых) санкций и/или пени за нарушения в сфере ВЭД-деятельности, начисленных контролирующим органом.

Источник: https://uteka.ua/publication/Kod-byudzhetnoj-klassifikacii-dlya-uplaty-peni-i-shtrafa.