Самостоятельное исправление ошибки по налоговым накладным, которые включены в состав налогового кредита, но не зарегистрированные в ЕРНН, производится путем корректировки реестра выданных и полученных налоговых накладных методом "сторно".
Ежемесячно на 3-й рабочий день после предельного срока подачи отчетности плательщикам, не предоставившим за отчетный месяц реестры налоговых накладных, или имеющим, установленные Системой сопоставления, расхождения между данными реестра налоговых накладных и единым реестром налоговых накладных, территориальным органом Миндоходов, направляется информационное уведомление в электронной форме.
Налогоплательщик в течении 10 дней после получения уведомления о наличии в реестре выданных и полученных налоговых накладных разногласий с данными контрагентов вправе уточнить налоговые обязательства без применения штрафных санкций (п. 201.6 НК).
Кроме того, налогоплательщик при самостоятельном исправлении ошибок, содержащихся в ранее поданной им налоговой декларации, обязан направить уточняющий расчет к такой налоговой декларации.
При этом, размер штрафа составляет 3 % (в случае предоставления уточняющего расчета в качестве самостоятельного документа) или 5 % (в случае отражения суммы недоплаты в составе декларации следующего периода) суммы недоплаты. (ст.50 НК).

По материалам официального портала Миндоходов в Донецкой области.
Подробную консультацию о том, как справить ошибки в налоговых накладных смотри в журнале „БАЛАНС-АГРО” от 27.01.14 г. № 4.