Имеет ли право контролирующий орган отказать в принятии отчетности, если субъект хозяйствования подает отчетность, которая не имеет инструкции и порядка ее заполнения и считает, что эта форма отчетности увеличивает или уменьшает его обязательства, о чем есть соответствующая отметка в декларации?

Нет, не имеет права.
Фискальная служба в ЗІР, категория 135.02 ответила следующее. Если субъект хозяйствования представляет отчетность, не имеющую инструкции о порядке ее заполнения, и считает, что эта форма отчетности увеличивает (уменьшает) его обязательства, о чем указано в специально отведенном месте в налоговой декларации, налоговики не вправе отказать в принятии такой отчетности.
Кроме того, налогоплательщик может представить дополнение к такой декларации в произвольной форме, с указанием мотивов для такого представления. И оно будет считаться неотъемлемой ее частью. Если налогоплательщик обязан представлять налоговую отчетность в электронной форме, соответственно, в такой же электронной форме представляется и дополнение к ней.

Источник: http://uteka.ua/publication/GFS-ne-vprave-otkazat-v-prinyatii-nalogovoj-otchetnosti-ne-imeyushhej-instrukcii-ee-zapolneniya.