Чи має право контролюючий орган відмовити в прийнятті звітності, якщо суб'єкт господарювання подає звітність, яка не має інструкції та порядку її заповнення і вважає, що ця форма звітності збільшує або зменшує його зобов'язання, про що є відповідна відмітка в декларації?

Ні, не має права.
Фіскальна служба в ЗІР, категорія 135.02 відповіла наступне. Якщо суб'єкт господарювання подає звітність, яка не має інструкції про порядок її заповнення, і вважає, що ця форма звітності збільшує (зменшує) його зобов'язання, про що зазначено в спеціально відведеному місці у податковій декларації, податківці не мають права відмовити в прийнятті такої звітності.
Крім того, платник податків може подати доповнення до такої декларації в довільній формі, з зазначенням мотивів для такого подання. І воно буде вважатися невід'ємною її частиною. Якщо платник податків зобов'язаний подавати податкову звітність в електронній формі, відповідно, в такій самій електронній формі подається і доповнення до неї.

Джерело: http://uteka.ua/ua/publication/GFS-ne-vprave-otkazat-v-prinyatii-nalogovoj-otchetnosti-ne-imeyushhej-instrukcii-ee-zapolneniya.