Відповідно до п. 50.3 ст. 50 ПОДАТКОВОГО КОДЕКСУ УКРАЇНИ  (далі – ПКУ) якщо платник податків подає уточнюючий розрахунок до податкової декларації, поданої за період, що перевірявся, або не подає уточнюючий розрахунок протягом 20 робочих днів після дати складення довідки про проведення електронної перевірки, якою встановлено порушення податкового законодавства, відповідний контролюючий орган має право на проведення позапланової перевірки платника податків за відповідний період.
Так, згідно із п.п. 78.1.3 п. 78.1 ст. 78 ПКУ подання платником податків уточнюючого розрахунку з відповідного податку за період, який перевірявся контролюючим органом, є підставою для проведення документальної позапланової перевірки такого платника.
Обмеження у підставах проведення перевірок платників податків, визначені ПКУ, не поширюються на перевірки, що проводяться на звернення такого платника податків, або перевірки, що проводяться у межах кримінального провадження (п. 78.2 ст. 78 ПКУ).
Крім того, обставинами для проведення документальної позапланової перевірки є, зокрема:

• подання платником податків в установленому порядку контролюючому органу заперечення до акта перевірки або скаргу на прийняте за її результатами податкове повідомлення-рішення, в яких вимагається повний або частковий перегляд результатів відповідної перевірки або скасування прийнятого за її результатами податкового повідомлення-рішення у разі, коли платник податків у своїй скарзі (запереченнях) посилається на обставини, що не були досліджені під час перевірки, та об’єктивний їх розгляд неможливий без проведення перевірки. Така перевірка проводиться виключно з питань, що стали предметом оскарження (п.п. 78.1.5 п. 78.1 ст. 78 ПКУ);
• контролюючим органом вищого рівня в порядку контролю за діями або бездіяльністю посадових осіб контролюючого органу нижчого рівня здійснено перевірку документів обов’язкової звітності платника податків або матеріалів документальної перевірки, проведеної контролюючим органом нижчого рівня, і виявлено невідповідність висновків акта перевірки вимогам законодавства або неповне з’ясування під час перевірки питань, що повинні бути з’ясовані під час перевірки для винесення об’єктивного висновку щодо дотримання платником податків вимог законодавства, контроль за дотриманням якого покладено на контролюючі органи.

Рішення про проведення документальної позапланової перевірки в цьому випадку приймається контролюючим органом вищого рівня лише у тому разі, коли стосовно посадових осіб контролюючого органу нижчого рівня, які проводили документальну перевірку зазначеного платника податків, розпочато службове розслідування або їм повідомлено про підозру у вчиненні кримінального правопорушення (п.п. 78.1.12 п. 78.1 ст. 78 ПКУ).
Враховуючи зазначене, за наявності достатніх підстав, контролюючий орган має право проводити документальну позапланову перевірку за період, який вже було перевірено для визначення достовірності нарахування бюджетного відшкодування, у тому числі якщо подано уточнюючий розрахунок, яким зменшується сума бюджетного відшкодування, що вже йому відшкодована.

Відділ організації роботи
Головного управління ДФС у Тернопільській області 

Джерело: https://uteka.ua/ua/publication/Byudzhetnoe-vozmeshhenie-odin-period---dve-proverki