Объекты незавершенного строительства не являются основными средствами, и поэтому на них не распространяется норма п. 189.9 НК, которая освобождает от начисления НДС при ликвидации основных средств в результате их уничтожения, разборки или преобразования. Согласно общей норме п. 198.3 НК налоговый кредит отчетного периода состоит из сумм налогов, начисленных (уплаченных) налогоплательщиком в течение такого отчетного периода в связи с приобретением или изготовлением товаров (в т. ч. при их импорте) и услуг в целях их дальнейшего использования в налогооблагаемых операциях в рамках хозяйственной деятельности налогоплательщика.
Если в рассматриваемой ситуации объект строительства предназначался для использования в хозяйственной деятельности в налогооблагаемых операциях, то сельхозпредприятие имело право включать НДС со стоимости товаров (работ, услуг), приобретенных для такого строительства, в налоговый кредит.
Однако в периоде списания объектов незавершенного строительства стало очевидным, что понесенные расходы не будут использованы в хозяйственной деятельности. Поэтому в таком периоде сельхозпредприятию следует начислить налоговые обязательства по товарам и услугам, которые были использованы при строительстве таких объектов и во время приобретения которых был сформирован налоговый кредит. База налогообложения определяется исходя из цены приобретения таких товаров (услуг).
Если во время строительства (или приобретения) объекта незавершенного строительства сельхозпредприятие не было плательщиком НДС или не включало сумму НДС по приобретенным товарам (услугам) в налоговый кредит, то последствия по НДС при его списании не возникнут.

Более подробную консультацию см. в журнале „БАЛАНС-АГРО” от 28.04.14 г. № 16.