Перерегистрация плательщика НДС в связи со сменой местонахождения имеет некоторые особенности. До взятия на учет налогоплательщика в налоговом органе по новому местонахождению он уплачивает налоги, сборы, представляет налоговые декларации и выполняет другие обязанности налогоплательщика по прежнему местонахождению до конца бюджетного года (п. 8 ст. 45 Бюджетного кодекса; пп. 10.1.4 Порядка учета плательщиков налогов, сборов, утвержденного приказом Минфина от 09.12.11 г. № 1588, далее – Порядок № 1588). 
Если до конца бюджетного года остается больше одного месяца после смены налогоплательщиком местонахождения, то документы в налоговом органе по новому местонахождению должны быть сформированы в течение 5 дней после окончания такого года, а если меньше одного месяца, то перерегистрация плательщиком НДС не обязательна (пп. 10.1.5 Порядка № 1588; пп. 4.4.2 Положения о регистрации плательщиков налога на добавленную стоимость, утвержденного приказом Минфина от 07.11.11 г. № 1394). Тогда плательщик самостоятельно определяет целесообразность проведения процедуры перерегистрации и получения нового свидетельства о регистрации плательщиком НДС по старому месту учета на короткий срок и при необходимости проводит ее в общем порядке. 
Таким образом, в связи со сменой местонахождения и, соответственно, переводом на обслуживание в другой налоговый орган плательщик НДС осуществляет перерегистрацию и получает новое Свидетельство плательщика НДС в налоговом органе по предыдущему его местонахождению, а в начале следующего года проходит такую же процедуру перерегистрации в налоговом органе по новому местонахождению. При этом дата регистрации и налоговый номер плательщика НДС не изменяются.

Подробнее в «БАЛАНС» от 21.03.13 г. № 23