К операциям по расчетно-кассовому обслуживанию, которые не являются объектом налогообложения, отнесены услуги платежных систем с использованием специальных платежных средств.
При этом банковские учреждения, кроме услуг платежных систем при осуществлении расчетно-кассовых операций, оплачивают в соответствии с Правилами платежных систем Visa и MasterCard другие услуги, в том числе услуги комплекс онлайн-продуктов, который позволяет разрабатывать стратегии борьбы со случаями мошенничества.
Такие услуги по своей сути не относятся к услугам, которые не являются объектом налогообложения.
Таким образом, операции по предоставлению услуг при осуществлении расчетно-кассовых операций, предоставляемых банкам международными платежными системами (Visa, MasterCard) по использованию специальных платежных средств, не является объектом налогообложения НДС.
Однако другие услуги (кроме роялти), которые поставляются нерезидентами на таможенной территории Украины или место поставки которых определено на таможенной территории Украины, прямо не связанные с переводом средств, являются объектом обложения НДС.

Письмо ГФС от 19.08.14 г. № 1961/6/99-99-19-03-02-15.