Минфин разъяснил вопрос о бухгалтерском учете НДС.  
В случае превышения обычной цены продажи товаров, работ, услуг, необоротных активов над фактической ценой суммы налоговых обязательств по НДС отражаются налогоплательщиками по кредиту субсчета 641 «Расчеты по налогам», аналитический счет «Расчеты по налогу на добавленную стоимость», в корреспонденции с дебетом субсчета 643 «Налоговые обязательства». 
Согласно НП(С)БУ 1 «Общие требования к финансовой отчетности» уменьшение экономических выгод в виде выбытия активов или увеличения обязательств, которые приводят к уменьшению собственного капитала (за исключением уменьшения капитала за счет его изъятия или распределения собственниками) за отчетный период, для целей бухучета признается расходами. 
При этом, сумму начисленного налогового обязательства, которая увеличилась в результате превышения обычной цены продажи товаров, работ, услуг, необоротных активов над фактической ценой их продажи, следует относить в состав прочих расходов текущего периода и отражать по дебету субсчета 949 «Прочие расходы операционной деятельности» и кредиту субсчета 643 «Налоговые обязательства».

Письмо Минфина от 07.05.13 г. № 31-08410-07/23-1524/2/1696.