Пунктом 261 подраздела 2 раздела XX НК определено, что для операций по поставке программной продукции временно, с 1 января 2013 года до 1 января 2023 года, введен льготный режим налогообложения НДС, согласно которому освобождаются от налогообложения операции по поставке программной продукции.
Одновременно, пп. 196.1.6 НК предусмотрено, что не являются объектом налогообложения операции, в частности, по выплате дивидендов, роялти в денежной форме или в виде ценных бумаг, которые осуществляются эмитентом.
Распоряжение имущественными правами интеллектуальной собственности осуществляется, в частности, на основании лицензионного договора.
При этом в лицензионном договоре определяются вид лицензии, сфера использования объекта права интеллектуальной собственности (конкретные права, предоставляемые по договору, способы использования указанного объекта, территория и срок, на которые предоставляются права и т.п.), размер, порядок и сроки выплаты платы за использование объекта права интеллектуальной собственности, а также другие условия, которые стороны считают целесообразным включить в договор.
Если в соответствии с условиями лицензионного договора предусмотрено предоставление лицензиату права на использование программного обеспечения без возможности продажи такого программного обеспечения или осуществление отчуждения иным способом и/или условия использования не ограничены функциональным назначением программного обеспечения и его воспроизведение не ограничено количеством копий, необходимых для такого использования (использование "конечным потребителем"), то получение лицензиаром платежа от лицензиата в качестве вознаграждения за предоставление указанного права для целей налогообложения НДС определяется как роялти и соответственно такая операция не является объектом налогообложения НДС.
Одновременно, если в соответствии с условиями лицензионного договора предусмотрено предоставление лицензиату права на использование программного обеспечения с возможностью продажи такого программного обеспечения или осуществление отчуждения иным способом, и/или условия использования ограничены функциональным назначением такого программного обеспечения и его воспроизведение ограничено количеством копий, необходимых для такого использования (использование "конечным потребителем"), то получение лицензиаром платежа от лицензиата в качестве вознаграждения за предоставление указанного права не будет считаться роялти и соответственно на такую операцию будет распространяться режим освобождения от налогообложения НДС согласно пункту 26-1 подраздела 2 раздела XX НК

Письмо ГФС от 27.05.15 г. № 11175/6/99-99-19-03-02-15.