ГФС в письме от 05.09.2016 № 29613/7/99-99-12-03-02-17 отметила, что с 01.02.2016 г. отменена норма по автоматическому бюджетному возмещению НДС и введены Реестры заявлений о возврате суммы бюджетного возмещения налога в хронологическом порядке в соответствии с очередностью внесения заявлений в реестр и для всех без исключения плательщиков возмещение по результатам 30-дневной камеральной проверки.
Основанием для бюджетного возмещения НДС является заявление плательщика о возврате суммы налога, фактически уплаченной получателем товаров / услуг в предыдущих и отчетном налоговых периодах поставщикам таких товаров / услуг или в Госбюджет Украины, которая отражается в налоговой декларации по НДС, в части, не превышающей сумму, исчисленную в соответствии с п. 200¹.3 НКУ на момент получения контролирующим органом налоговой декларации.
В течение 30 календарных дней, следующих за предельным сроком представления налоговой декларации, контролирующий орган проводит камеральную проверку заявленных в ней данных. Налогоплательщики, которые имеют право на бюджетное возмещение и подали заявление о возврате суммы бюджетного возмещения, получают такое бюджетное возмещение в случае согласования контролирующим органом заявленной суммы бюджетного возмещения по результатам камеральной проверки, а в случаях, определенных п. 200.11 НКУ- по результатам документальной проверки, проводимой в соответствии с НКУ.
Контролирующий орган обязан в течение 5 рабочих дней после окончания проверки подать органу, осуществляющему казначейское обслуживание бюджетных средств, заключение с указанием суммы, подлежащей возмещению из бюджета. Соответствующее заключение подается в органы Госказначейства по месту регистрации налогоплательщика.
В случае наличия у налогоплательщика налогового долга бюджетному возмещению подлежит заявленная ​​сумма налога, уменьшенная на сумму такого налогового долга (п. 200.12 НКУ).

Источник: https://uteka.ua/publication/O-proverkax-pravomernosti-nachisleniya-byudzhetnogo-vozmeshheniya-NDS