ГФС в письме от 03.10.2016 № 21409/6/99-99-15-03-02-15 рассмотрела вопрос относительно декларирования бюджетного возмещения сумм НДС, которые фактически не были уплачены покупателем поставщику товаров/услуг, а кредиторская задолженность по таким товарам/услугам погашена в результате реорганизации покупателя и поставщика товаров/услуг путем их слияния и последующего проведения взаимозачета задолженностей.
Бюджетному возмещению подлежит сумма отрицательного значения, рассчитанной согласно пункту 200.1 статьи 200 ПОДАТКОВИЙ КОДЕКС УКРАЇНИ, которая равняется сумме налога, фактически уплаченной получателем товаров/услуг в предыдущих и отчетном налоговых периодах поставщикам таких товаров/услуг или в Государственный бюджет Украины, в части, не превышающей сумму, исчисленную в соответствии с пунктом 200 1.3 статьи 200 1 ПОДАТКОВИЙ КОДЕКС УКРАЇНИ .
Таким образом, суммы НДС, которые фактически не были уплачены покупателем поставщику товаров/услуг, а кредиторская задолженность по таким товарам/услугам погашена в результате проведения взаимозачета задолженностей, не подлежат бюджетному возмещению.

Источник: https://uteka.ua/publication/Nyuansy-byudzhetnogo-vozmeshheniya-summ-NDS