ГФС рассмотрела вопрос относительно ликвидации основных средств по самостоятельному решению налогоплательщика.
Так, если основные производственные или непроизводственные средства ликвидируются по самостоятельному решению налогоплательщика, такая ликвидация для целей налогообложения рассматривается как поставка таких основных производственных или непроизводственных средств по обычным ценам, но не ниже балансовой стоимости на момент ликвидации.
Норма п. 189.9 НК не распространяется на случаи, когда основные производственные или непроизводственные средства ликвидируются в связи с их уничтожением или разрушением в результате действия обстоятельств непреодолимой силы, в других случаях, когда такая ликвидация осуществляется без согласия плательщика налога, в том числе в случае хищения основных производственных или непроизводственных средств, что подтверждается в соответствии с законодательством или когда налогоплательщик подает контролирующему органу соответствующий документ об уничтожении, разборке или преобразовании основных производственных или непроизводственных средств другим способом, в результате чего они не могут использоваться по первоначальному назначению.
При этом, если в результате ликвидации необоротных активов остаются комплектующие изделия, составные части, компоненты или другие отходы, которые приходуются на материальных счетах с целью их использования в хозяйственной деятельности плательщика, на такие операции не начисляются налоговые обязательства.
Документами, подтверждающими уничтожение, разборку или преобразование основного средства, являются заключения соответствующей экспертной комиссии о невозможности использования в будущем этих средств по первоначальному назначению и акты на их списание соответствующей формы.
Вышеперечисленное свидетельствует, что ликвидация основных средств для целей налогообложения не рассматривается как поставка, в случае, когда такая ликвидация осуществляется без согласия налогоплательщика (ликвидация в связи с их уничтожением или разрушением в результате действия обстоятельств непреодолимой силы, в случае хищения). При этом данное обстоятельство налогоплательщик должен подтверждать или документами в соответствии с законодательством (сертификат ТПП, акты государственных, правоохранительных и судебных органов и т.д.) или представлением контролирующему органу соответствующих документов об уничтожении, разборке или преобразовании основных средств. Такие документы прилагаются к налоговой декларации по налогу на добавленную стоимость за отчетный период, в котором возникают такие обстоятельства и осуществляется ликвидация основных средств.
В случае, если основные средства ликвидируются по самостоятельному решению налогоплательщика, такая ликвидация для целей налогообложения рассматривается как поставка таких основных средств.

Письмо ГФС от 18.11.15 г. № 25655/10/28-10-06-11.