ГФС в письме от 04.08.16 г. №16931/6/99-99-15-03-02-15 сообщила, что средства, получаемые лизинговой компанией от лизингополучателя как компенсация расходов на оплату транспортного налога, включаются в базу налогообложения НДС такой лизинговой компании и облагаются НДС в общеустановленном порядке.
Напомним, что в базу обложения НДС включаются стоимость товаров/услуг, которые поставляются (за исключением суммы компенсации на покрытие разницы между фактическими расходами и регулируемыми ценами (тарифами) в виде производственной дотации из бюджета и / или суммы возмещения арендодателю - бюджетному учреждению расходов на содержание предоставленного в аренду недвижимого имущества, коммунальные услуги и на энергоносители), и стоимость материальных и нематериальных активов, передаваемых налогоплательщику непосредственно получателем товаров / услуг, поставленных таким налогоплательщиком.

Источник: https://uteka.ua/publication/Kompensaciya-transportnogo-naloga-lizingodatelyu-chto-s-NDS.