I. Если у налогоплательщика по состоянию на 1 июля 2015 года имеются суммы переплат и по результатам отчетного периода "июня 2015 года/II квартала 2015 года" плательщик определяет сумму налога, подлежащего уплате в бюджет, такая сумма в полном объеме отражается в строке 25.1 декларации 0110 за такой отчетный период.
При этом в реестрах, сформированных на основании данных, задекларированные в декларациях за отчетный период "июнь 2015 года/II квартал 2015 года", на основании которых Казначейство осуществляет перечисление сумм НДС в бюджет, указываются суммы, уменьшенные на суммы переплат.
После этого:
1) в случае если сумма переплат равна сумме налога, задекларированной к уплате в бюджет, сумма переплат считается погашенной и автоматически списывается с интегрированной карточки плательщика налогов (далее - ИКПН) контролирующим органом, а сумма задекларированного в строке 25.1 декларации 0110 налогового обязательства за июнь 2015 года/II квартал 2015 года считается погашенной.
2) в случае если сумма переплат меньше чем сумма налога, задекларированная к уплате в бюджет, сумма переплат считается погашенной и автоматически списывается с ИКПН контролирующим органом, а сумма задекларированного в строке 25.1 декларации 0110 налогового обязательства за июнь 2015 года/II квартал 2015 года в части, равной сумме переплат, считается погашенной. Сумма налогового обязательства за июнь 2015 года/II квартал 2015 года в части, превышающей сумму переплат, подлежит перечислению в бюджет в общем порядке, то есть налогоплательщик должен в сроки, определенные НК для самостоятельной уплаты налоговых обязательств, обеспечить наличие такой суммы на своем счету в системе электронного администрирования НДС.
3) в случае если сумма переплат превышает сумму налога, подлежащего уплате в бюджет, указанную в строке 25.1 декларации 0110 за июнь 2015 года/II квартал 2015 года, то:
- такая сумма налога, задекларированная к уплате в бюджет, считается погашенной; сумма переплат в размере, равном сумме налога, заявленной к уплате в бюджет, считается погашенной и автоматически списывается с ИКПН контролирующим органом;
- сумма превышения суммы переплат над указанной суммой налога, задекларированной к уплате в бюджет, переносится налогоплательщиком в строки 20.2 декларации 0110 следующего отчетного (налогового) периода (июль 2015 года/III квартал 2015 года). Такая сумма может быть учтена исключительно в уменьшение суммы налога, подлежащего уплате в бюджет по результатам следующих отчетных (налоговых) периодов.
II. Если у налогоплательщика по состоянию на 1 июля 2015 года имеются суммы переплаты и по результатам отчетного периода "июня 2015 года/II квартал 2015 года" плательщик декларирует сумму налога, подлежащую бюджетному возмещению (строка 23.2 декларации 0110), или сумму отрицательного значения, что зачисляется в состав налогового кредита следующего отчетного периода (строка 24 декларации 0110) или налогоплательщик декларирует отсутствие показателей, отражаемых в разделе III декларации, то суммы переплаты по состоянию на 1 июля 2015 года переносятся плательщиком в строку 20.2 декларации 0110 следующего отчетного (налогового) периода (июль 2015 года/III квартал 2015 года). Такая сумма может быть учтена исключительно в уменьшение суммы налога, подлежащего уплате в бюджет.
В этом случае после представления плательщиком декларации 0110 за июнь 2015 года/II квартал 2015 года суммы переплат автоматически списываются контролирующим органом с ИКПН и являются погашенными.
С целью полноты уплаты налога в бюджет и корректного заполнения налоговой отчетности по НДС за июль 2015 года/III квартал 2015 года налогоплательщики могут после загрузки уточненной информации в центральную базу данных ГФС (начиная с 10.07.15 г.) по запросу получить сообщение (извлечение) о суммах переплат, которые учитываются в ИКПН по состоянию на 1 июля 2015 года.

Письмо ГФС от 22.06.15 г. № 22408/7/99-99-19-03-01-17.