При списании в пределах норм естественной убыли товаров, при приобретении которых был сформирован налоговый кредит и которые утратили товарный вид, налоговые обязательства плательщиком НДС не начисляются (при условии, что стоимость таких товаров включается в стоимость готовой продукции, подлежащей налогообложению).
В других случаях - НДС начисляется по основной ставке. Если такие товары списываются сверх норм их естественной убыли, в связи с чем они не могут быть использованы в рамках хозяйственной деятельности плательщика НДС, то не позднее последнего дня отчетного (налогового) периода, в котором происходит их списание, налогоплательщик должен  начислить налоговые обязательства по НДС по основной ставке. База налогообложения при списании таких ТМЦ определяется исходя из стоимости их приобретения.

По материалам официального портала ГФС.

Новости по теме:
Как отражать в декларации приобретения без НДС и поздно полученные налоговые накладные
Каков порядок заполнения граф 4-13 НН, составленной на сумму бесплатной поставки товаров/услуг?