Субъект хозяйствования, который не является перевозчиком (не оказывает услуги перевозки) и осуществляет только прием заказов на продажу железнодорожных и авиационных билетов, прием средств за билеты и возврат средств за неиспользованные билеты, определяет свои налоговые обязательства по НДС только из стоимости предоставленных им услуг по выполнению заказа на продажу проездных документов.
В налоговой накладной, составленной субъектом хозяйствования, осуществляющим прием заказов на продажу железнодорожных или авиационных билетов, отражается стоимость услуг, предоставленных в связи с выполнением такого заказа, и сумма налога на добавленную стоимость, определенная из стоимости таких услуг.
У налогоплательщика, который непосредственно воспользовался услугами по перевозке на дату утверждения отчета об использовании средств, выданных на командировку или под отчет, возникает право на включение сумм налога на добавленную стоимость, уплаченных в стоимости транспортного билета, в состав налогового кредита соответствующего периода.
При этом в случае, если такие услуги по перевозке приобретены для использования в операциях, не облагаемых налогом на добавленную стоимость, такой плательщик обязан определить налоговые обязательства по стоимости таких услуг и составить и зарегистрировать в ЕРНН налоговую накладную не позднее последнего дня отчетного периода.

Письмо ГФС от 01.09.15 г. № 18663/6/99-99-19-03-02-15.