Проектом планується внести зміни до ПОДАТКОВИЙ КОДЕКС УКРАЇНИ в частині податку на додану вартість, а саме:
- удосконалення системи електронного адміністрування податку на додану вартість:
            а) повернення переплат платника податку виключно на рахунок в СЕА, зарахованих до бюджету з такого рахунку;
            б) збільшення терміну реєстрації податкових накладних та розрахунку коригування до таких податкових накладних в ЄРПН (з 180 до 365 календарних днів) із одночасним встановленням штрафу щодо відсутності такої реєстрації у розмірі 50% від суми ПДВ, а також встановлення штрафу при порушенні термінів реєстрації всіх податкових накладних/розрахунків коригування до податкових накладних, в тому числі складених неплатникам податку (за виключенням певних операцій);
            в) збільшення терміну реєстрації податкових накладних / розрахунків коригування до таких податкових накладних, який дає право на віднесення сум ПДВ до податкового кредиту, з 60 до 365 календарних днів з дати списання коштів з банківського рахунка платника податку, що застосовує касовий метод;
- запровадження єдиного публічного Реєстру заяв на бюджетне відшкодування податку на додану вартість;
- уточнення терміну подання заяви щодо відмови від використання пільги з ПДВ по операціях з постачання на митній території України вугілля, яка подається до настання звітного періоду, в якому платник податку не передбачає використання зазначеної пільги (сьогодні протягом такого періоду);
- врегулювання оподаткування ПДВ  операцій з продажу лізингових портфелів компаніями;
- розповсюдження обов’язкового реквізиту, зокрема  коду товару згідно з УКТ ЗЕД, який відображається у податковій накладній, на всі без виключення товари, а також доповнення новим обов’язковим реквізитом для послуг згідно з Державним класифікатором продукції та послуг;
- надання права на перенесення податкового кредиту при реорганізації шляхом приєднання або злиття з іншим платником податку на додану вартість до складу податкового кредиту правонаступника.

Джерело: https://uteka.ua/ua/publication/Nalogovaya-reforma-2016-plany-otnositelno-NDS