В соответствии с НК в общий месячный  налогооблагаемый доход плательщика налога включается сумма излишне израсходованных средств, полученных им на командировку или под отчет и не возвращенных в установленный срок, и подлежит обложению НДФЛ. 
Сумма налога, начисленная на сумму такого превышения, удерживается лицом, выдавшим такие средства, за счет любого налогооблагаемого дохода (после его налогообложения) налогоплательщика за соответствующий месяц, а при недостаточности суммы дохода - за счет налогооблагаемых доходов следующих отчетных месяцев до полной уплаты суммы такого налога. 
При этом, базой налогообложения является сумма излишне израсходованных средств, умноженная на соответствующий коэффициент (п. 164.5 НК). Если налогооблагаемый доход начисляется налоговым агентом, но не выплачивается (не предоставляется) налогоплательщику, то налог, подлежащий удержанию с такого начисленного дохода, подлежит перечислению в бюджет налоговым агентом в сроки, установленные для месячного налогового периода.

Письмо Главного управления Миндоходов в г. Киеве от 22.05.13 г. № 335/10/06-4-06.

Новости по теме:

НДФЛ с дохода физлиц-предпринимателей: когда удерживать, а когда нет