ДФС у листі від 03.10.2016 № 21409/6/99-99-15-03-02-15 розглянула питання щодо декларування до бюджетного відшкодування сум ПДВ, які фактично не були сплачені покупцем постачальнику товарів/послуг, а кредиторська заборгованість за такими товарами/послугами погашена у результаті реорганізації покупця і постачальника товарів/послуг шляхом їх злиття та подальшого проведення взаємозаліку заборгованостей.
Бюджетному відшкодуванню підлягає сума від'ємного значення, розрахованого згідно з пунктом 200.1 статті 200 ПОДАТКОВИЙ КОДЕКС УКРАЇНИ, яка дорівнює сумі податку, фактично сплаченій отримувачем товарів/послуг у попередніх та звітному податкових періодах постачальникам таких товарів/послуг або до Державного бюджету України, в частині, що не перевищує суму, обчислену відповідно до пункту 200 ¹.3 статті 200 ¹ ПОДАТКОВИЙ КОДЕКС УКРАЇНИ.
Таким чином, суми ПДВ, які фактично не були сплачені покупцем постачальнику товарів/послуг, а кредиторська заборгованість за такими товарами/послугами погашена у результаті проведення взаємозаліку заборгованостей, не підлягають бюджетному відшкодуванню.

Джерело: https://uteka.ua/ua/publication/Nyuansy-byudzhetnogo-vozmeshheniya-summ-NDS